本學院下轄1系3所，分別為「醫學系」、「醫學科學研究所」、「病理及寄生蟲學研究所」及「生物及解剖學研究所」，說明如下：
(一) 醫學系史可上溯自民國前十年(清光緒二十八年，西元1902年)，其時尚為本校前身之北洋軍醫學堂。中間歷經眾多改制與變革，至民國七十二年，臨床醫學學科改隸醫學系，醫學系所屬之臨床學科與醫院相對之臨床部門合併作業。民國八十三年九月，增設急診醫學科及家庭醫學科，醫學系組織架構大致完備，共計十八個學科。
(二) 醫學科學研究所於民國71年年創立，採用美制臨床醫學博士訓練學程，以本學院醫學系畢業生為教育對象，整合臨床醫學及基礎醫學教育資源，目標是培育優秀高端醫學教研人才，提升國內生物醫學研發能量，以造福國家社會人群。
(三)病理及寄生蟲學研究所於民國六十五年奉准成立，最大的特色為學術與臨床緊密相連之「部科所合一」之單位，負責本學院醫學系病理學與寄生蟲學之課程與實驗。
(四) 本研究所前身為國防醫學院生物形態學系，創立於民國32年，後經多次改制與發展，現為「生物及解剖學研究所」，除研究所課程外，亦肩負本學院醫學系普通生物學、大體解剖學、神經解剖學、解剖學、組織學及胚胎學等科目及實驗。
醫學院教育特色與理念
本學院教育理念依循本校「秉持全人教育的宏觀理念，以培訓國家訓練之現代化軍醫及符合世界潮流之健康照護人才」之理念，致力於整合基礎研究與臨床運用(結合臨床醫學、轉譯醫學與醫學影像技術)、培育尖端研發及教學人才以及強化軍事醫學之應用，此外，透過研究導向學習、跨領域合作等方式，強化理論與實作並行，使學生能夠應用所學於醫學科學與臨床研究，並具有獨立思考與創新發展的能力。課程規劃從基礎知識、實驗技術、專業新知、整合應用等面向，鼓勵學生依照其專業興趣和研發目標。
(二)發展醫學科技專業技術。
(三)建立產學合作機制，推動基礎與臨床應用整合。
為承襲本校校風、基本素養，並符合本學院之教育理念，特定整體課程的教育目標如下：
(一) 國際視野與終身學習
(二) 專業知識與邏輯思辯
(三) 資訊科技與數位醫療
(四) 人文素養與全人照護
(五) 社會關懷與利他精神
(六) 領導統御與團隊溝通
(七) 身心鍛鍊與軍醫責任
(八) 研發創新與產學合作