生物醫學科學學院包含6個研究所，分別為生命科學研究所博士班，以及微生物及免疫學研究所、航太及海底醫學研究所、生物化學研究所、生理學研究所、生物防護研究所等碩士班。本學院以「生命科學」為核心，融合各所特色領域，致力打造一個跨學科學習與研究的平台，以強化生醫與軍醫技術創新，培育高階生物醫學人才。
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- 生命科學研究所
成立於民國81年，由本校與中央研究院共同創辦設立；並於民國86年加入國家衛生研究院為共同合辦單位。生科所匯聚三院之師資與研究資源，透過跨領域的合作與資源共享，共同培養生命科學專業人才。
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- 微生物及免疫學研究所
創立於民國75年，前身可追溯至民國36年軍醫學校細菌學科與衛生勤務訓練所第一分所之合併，歷經多次改制而成。研究領域涵蓋細菌、病毒、免疫學及腫瘤學，近期重點著重於新興傳染病、癌症免疫、細菌抗藥基因及自體免疫疾病研究，並發展病原快速偵檢技術，致力培養新一代微生物及免疫學研究與專業人才。
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- 航太及海底醫學研究所
本校自民國86年起設立航太醫學研究所及海底醫學研究所，並於民國100年合併為「航太及海底醫學研究所」。本所為全國唯一專注於航太與海底醫學領域之教學與研究機構，結合軍民專業資源，致力推動高階航太與海底醫學研究，培育具備跨領域專業知識與研究能力之優秀人才。
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- 生物化學研究所
致力於培育具備獨立思考與研究能力之生醫人才。師資陣容涵蓋小分子合成、蛋白質結構與功能、訊息傳遞、基因表現調控、生物資訊及癌症生化等領域，並以細胞與多種動物模式為研究工具。課程設計強調科學素養與實作能力的養成，藉由跨領域訓練，厚植學生在生醫研究與應用上的專業實力。
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- 生理學研究所
成立於民國57年，為國內早期成立的生理學研究所之一。本所研究以鏈結軍陣醫學需求為目標，橋接基礎生理與臨床醫學之研究主題為發展主軸，涵攝代謝、心血管、神經行為、生醫感測等研究類群，培育可從事生理學及相關生物醫學之教研與轉譯醫學人才。
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- 生物防護研究所
專注於新興傳染病與生物戰劑病原之防護研究，重點發展生物防護技術、高防護實驗室人才培育與生物風險管理體系建構，致力強化台灣對高風險病原之防疫韌性，邁向全球頂尖生物防護研究中心。
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學生獎助學金與研究支持:
吸引和支持最具潛力、擁有熱情和創新精神的學生，不讓經濟困難成為他們追求生醫夢想的阻礙。
國際交流與人才培育：
支持學生參與國際研討會、海外交換實驗室、國際合作研究，提升學院能見度。
強化校友聯繫網絡：
建立更緊密的校友社群，透過校友交流、專業合作與資源分享，打造一個支持學生、活絡產學合作、推動研究成果落實應用的網絡。
